Orgoványon három keresztény felekezethez tartoznak hívek nagy számmal: a római katolikushoz, a reformátushoz és a baptistához. A 2011-es népszámlálás során a vallási megoszlás a következő volt: római katolikus 52,3%, református 22,6%, evangélikus 1,2%, felekezeten kívüli 6,1% (14,8% nem nyilatkozott).
Római katolikusok
Az orgoványi római katolikus egyházközség 1917-ben lett önálló, előtte ugyanis a közelben lévő Izsák filiája volt. Az 1850-es évektől a kecskeméti ferences szerzetesek látták el a környező puszták falvainak pasztorálását, így az orgoványi pusztáét is. Az első orgoványi katolikus pap a 20. század elején Tóth Imre volt. 1918-ban lett a katolikusnak önálló, három holdnyi temetője, addig minden felekezet képviselői egy helyre – a mai református temetőbe – temetkeztek. A mai római katolikus templom helyén eredetileg egy gőzmalom állt, mely miután többször csődbe ment, eladásra került, s az épületet a váci püspök vásárolta meg, azzal a céllal, hogy az orgoványi hívek számára templommá alakíttassa. 1917-re el is készült a templom, tornya pedig 1931-ben épült. A templomépület azonban vályogból lévén hosszabb időre alkalmatlan volt céljára, úgyhogy 1942-ben lebontották. A templom mai formáját az 1942–1958 közötti átépítés folyamán nyerte el. A templomot Óváry Artúr tervezte. A templom alapvető szerkezete bazilikális jellegű, neoromán stílusú egy főhajóval és két jóval alacsonyabb oldalhajóval, kazettás mennyezettel, igen szép, színes üvegablakokkal. A templomtorony csak lazán kapcsolódik a templomtesthez, s nem is a főhajó előtt, hanem az egyik oldalhajó sarkánál található, ettől a templomépület aszimmetrikus.
A falu jelenlegi plébánosa Dr. Czár János. Előtte hosszú évtizedekig szolgált a köztiszteletnek örvendő, nagy tekintéllyel bíró Kovács József címzetes esperes, aki Orgovány díszpolgára is lett.
Reformátusok
Orgovány önálló református egyházközséggé válása előtt Kunszentmiklóshoz tartózott, s az ottani lelkészek látták el az orgoványi református híveket. Az önálló orgoványi református egyházközség története 1868-ban kezdődött, mikor Baksay Sándor református püspök Orgoványra látogatott, s úgy döntött, hogy önálló filiát hoz létre, amely továbbra is Kunszentmiklóshoz tartozott, azonban az anyaegyház innentől kezdve az alapvető jogokat átengedte az orgoványi filiának: saját lelkésze lehetett, önálló egyháztanácsot választhatott magának, az egyházi adót maguk szedhették és megtarthatták. A beszedett egyházi adó aztán oly tekintélyes összegű volt, hogy belőle már 1869-re felépülhetett a lelkészi lakás, valamint az ima- és iskolaterem. Ez utóbbi hely szolgált 1913-ig az istentiszteletek helyszínéül, amikor is felépült a falu méretes és szép református temploma.
A református egyházközség számos kiváló lelkésszel büszkélkedhet. 1870-től 1894-ig itt szolgált lelkészként Földváry László, aki egyháztörténeti kutatásai mellett rendszeresen publikált cikkeket, értekezéseket, egyházi szónoklatokat politikai, szépirodalmi és egyházi lapokban. 1894–1936 között Molnár Gergely volt a falu református lelkésze, akinek nagyon sokat köszönhet nem csak a református gyülekezet, de az egész falu is. Az ő lelkészsége alatt, 1908-ban kezdték építeni a templomot Láng Arnold tervei szerint, mely 1913-ra el is készült. A templom saját orgonát és egy 814 kg-os harangot is kapott.
Molnár Gergely részletes naplót is vezetett orgoványi lelkészsége idején a falu és környékének életéről 1895 és 1932 között. Azonban a napló sajnos csak töredékesen maradt fenn: éppen a legizgalmasabb korszak, az 1919. és 1920. év krónikája nem lelhető fel. A feljegyzések 2002-ben Orgoványi napló címmel jelentek meg Molnár Miklós szépíró, a lelkész unokája gondozásában.
1990-ben került a templomba új orgona. Az eredeti egyébként is használt volt, mert 1907-ben adományozták a falunak a kunszentmiklósi reformátusok.
A baptisták
A baptisták 1896-tól vannak a faluban. Ebben az évben ugyanis három orgoványi személy, Vajda János és családja baptistának keresztelkedett át. 1901–1960 között két gyülekezet működött a faluban, az alsó-orgoványi (kargalai) és a faluközponti. A hívek ahhoz tartoztak, melyhez közelebb laktak. A faluközponti gyülekezet 1912-ben építette föl saját imaházát, melynek első presbitere Ficsór Sándor volt.
A zsidó vallásúak
Csak néhány évig, körülbelül 1900–1919 között laktak zsidó vallásúak Orgoványon. Ez két családot jelentett: Pick Dávid és Krausz Izidor családját. Jó kapcsolatban voltak a lakossággal, azonban a fehérterror 1919–1920-as eseményei idején elköltöztek a faluból. Később zsidó felekezetűek nem érkeztek a faluba.